机之间的连接被物理切断，现在的明日香还不至于做到那种站在机甲之外都能够远程控制的程度，因此物理连接切断之后，二号机很快就平静了下来。
在紧急情况处理完毕之后，所有人都是惊喜的看着有些迷茫的从驾驶舱中爬出来的明日香，没有经过训练就可以将同步率提升到这种程度，甚至是在没有穿戴作战服的情况下，就完成了对二号机的启动和驾驶，这简直就是天生的驾驶员。
和她相比，就算是明日香的本体也不算什么了，于是明日香顺利的成为了二号机的第一适格者，而随后的训练更是给在场的科学家们一个巨大的惊喜。
明日香展现出来的不只是极高的同步率，同时还对各种战斗技巧一学就会，虽然还是一个小学生的模样，但就算是成年人在她面前，也走不过几招就会被制服。
而随着更多的训练，明日香原本就非常优秀的身体素质，也在这个过程中变得更加优秀，全方位的素质都不逊色于该领域中最优秀的运动员。
在对战模拟的测试之中，打败了难度最高的人工智能，更是没有任何人能够在模拟测试之中，和她的对战之中取得胜利。
所有人都相信明日香将成为最优秀的驾驶员，至于与此同时，初号机的驾驶员这边……
碇唯亲自与初号机进行同步实验，而在实验的过程中，意外发生，碇唯的同步率骤然提高到了百分之四百，实验室之中全都是一片红色的警报。
但这个时候就算是停止实验也做不到了，工作人员紧急弹出了插入栓，可将插入栓打开之后，里面空空如也，碇唯已经彻彻底底的融入到了初号机之中，灵魂成为了初号机的一部分。
年幼的碇真嗣虽然在基地之中生活，但却并没有目睹这一幕，只是他的直觉已经强到了一定程度，本能的预感到今天会有不好的事情发生，凭借自己的记忆，很快就找到了实验室所在的位置，然后就看到他的父亲脸上露出了前所未有阴沉的表情，那眼神不论是看向任何人，都会带来恐惧。
碇真嗣平静的看着那双眼睛，同时也从中读出了许多东西，他的母亲在实验的意外之中永远的消失了，原著中碇真嗣根本不清楚自己的母亲是如何消失的，很可能就是因为这时受到的冲击太大，导致了记忆失去。
但这次碇真嗣对每一个细节都记得一清二楚，在他的父亲将他赶出去之前，就已经飞快扫了一遍实验室中所有的屏幕，并且将实验室中所有人的对话清晰的听在耳朵中记下来。
而此时他已经是双眼一片茫然的状态，母亲的消失父亲的异样表现对他的刺激终于让他第一次解开了基因锁。
解开基因锁之后获得的不只是战斗本能，人的记忆力，理解能力，学习能力，都将提高到一