乎被全部抹除，只不过是一个婴儿。
而此时的碇源堂，还是个年轻人，还没有，整天戴着墨镜，也不会标准的司令姿势，看起来更是显得有些瘦弱。
这个时候的他还和碇唯过着看起来幸福美满的生活，相比于碇唯，碇源堂对于自己的这个孩子并没有特别喜爱，属于那种在生产过程中如果出了问题的话，会果断选择保大的类型。
不过在碇真嗣还小的时候，碇唯还没有融入到初号机里的时候，碇源堂对待自己的孩子的态度还算不错。
人类进化研究中心中，碇唯逗弄着碇真嗣，对身边的碇源堂道：“我们的孩子未来一定会成为一个伟大的人的。”
碇源堂闻言看着襁褓中的那个婴儿，随后点了点头：“应该吧！”
两人各自都有各自的秘密，只不过这个时候的碇唯，知道的，其实比碇源堂多一些。
碇唯也是能够在轮回之中保留自己的记忆的，虽然不至于像蓝诺这么变态，连世界重塑的过程都能够清晰的看到，但关于世界轮回，关于生命果实和智慧果实，关于人类补完和第三次冲击，第四次冲击的事情，她都还清晰的记得，这也是她在实验过程中会主动融入到初号机之中的重要原因之一。
碇源堂在拿到了尼布甲尼撒之匙后，也拥有了一定程度的在轮回之中保留记忆的能力，但和融合到初号机里的碇唯相比，还差了很多，至少在碇唯融入到初号机内部之前，碇源堂的记忆都没有苏醒，不然的话他无论如何都会阻止这个过程。
碇唯所说的碇真嗣将成为一个伟大的人，并不是一个祝愿，而是一个预言，因为碇真嗣每次都会作为人类补完的主导者，而他如果无法成为一个伟大的人，让人类补完有一个完美的结局，那么轮回就会一直持续下去，直到他成为这样的存在，这其中本身就有碇唯的引导。
这是一个母亲，面对自己的孩子的时候，的私心，但同样也是选择了对人类最好的结局。
随着第二次冲击的爆发，世界各地都在忙于救灾，相比于原本的历史线，这一次的死亡人数少了太多太多，更是有诸多工业设施被抢救出来，重新恢复运转，逐渐维持住了各受灾地的自己自足。
而人类也从死海文书之中，得到了来自远古的预言，死海文书本身就是和亚当在一起坠落到地球上的，上面记录的则是使徒的诞生，以及使徒遇到亚当可能会触发第三次冲击毁灭人类的事实。
因此人类也开始了第三新东京市这类防御设施的建设，之前的人类进化研究所也改成了直属联合国的特务机构nerv。
第三新东京是一座海滨城市，本身是一座可以降落到地面以下的要塞都市，城市之中的所有建筑都是可以下沉进入地面之下，而这还不是最重要的，